Hệ ngôn ngữ Iroquois có hệ thống âm vị tương đối độc đáo. Không như đa số ngôn ngữ, tiếng Cherokee không có các âm môi p, b, f, và v. Nó có âm môi m, nhưng âm này rất hiếm gặp, chỉ hiện diện trong không quá mười từ bản địa.[29] Trên thực tế, phương ngữ Hạ hoàn toàn không có âm m. Thay vào đó, nó dùng âm w.

Khi một từ mượn có p, nó thường được thay thế bằng qw, như trong trường hợp tên tiếng Cherokee của Wikipedia, Wiɣiqwejdiʃ.

Phụ âm

Như nhiều ngôn ngữ Iroquois, hệ thống phụ âm tương đối đơn giản.

Nguyên âm

Có sáu nguyên âm ngắn và sáu nguyên âm dài.

Nguyên âm đôi

Tiếng Cherokee chỉ có một nguyên âm đôi:

• ai  /ai/